Perdida la Santa María en un naufragio, se levantó con sus restos el fuerte de la Navidad en la isla de Santo Domingo. Después de dejar una guarnición en él, Colón regresó a Europa. Una tormenta en las Azores separó a la Pinta y la Niña, que ya no volvieron a reunirse. Martín Alonso Pinzón se adelantó al Almirante y con la Pinta llegó a Galicia en tanto Colón con la Niña llegaba a Lisboa días después. Pinzón, que había sido la mano derecha de Colón, intentó ver a los Reyes Católicos antes que Colón; murió en el camino, probablemente asesinado. Colón, después de hablar con el rey portugués, fue hacia Palos de Moguer, el puerto del que había partido meses antes.

En Palos, Colón escribió una famosísima carta a Luis de Santángel fechada el 15 de febrero de 1493, carta que se conserva, y que es un verdadero alarde de cinismo y ganas de quedar bien. En la carta Colón le cuenta a Santángel que ha descubierto unas islas muy bonitas, con buenos puertos, minas de oro, campos ricos, y animales y plantas de toda clase, y que están habitadas por buena gente; todo en la carta es exagerado y suena a falso y grandilocuente comparado con la modesta realidad de lo que Colón realmente había visto en ese su primer viaje oficial. Es decir, en esa carta Colón intenta “venderle” a Santángel que aunque no ha conseguido llegar adonde se proponía, al menos ha encontrado un sitio que reúne características suficientes que permiten seguir adelante con el proyecto.

La carta de contestación de Santángel debió ser destruida inmediatamente por Colón. No cuesta demasiado imaginar los insultos y amenazas del financiero a Colón; a alguien tan sagaz e inteligente como Santángel no debió costarle mucho darse cuenta de que el marino intentaba disimular su fracaso con el “premio de consolación” que eran las islas descubiertas.

De Palos, Colón fue hasta Barcelona, donde estaban los reyes y tuvo lugar el recibimiento oficial. Se montó un gran espectáculo en el antiguo palacio de los condes-reyes de la ciudad, y en el Saló del Tinell, el salón del trono, Colón y su cortejo de indígenas y papagayos –esos eran todos los tesoros acopiados en el viaje-, saludaron a los Reyes Católicos y a la Corte. Se le confirmaron los privilegios de las Capitulaciones de Santa Fe, y el marino empezó a preparar el segundo viaje, aunque el ambiente político castellano arreciaba en contra suya; visto lo ocurrido, además, no es arriesgado suponer que las relaciones entre Colón y sus antiguos aliados habrían quedado bastante deterioradas, No sabemos más de sus relaciones con Santángel; quizá no se interrumpieron por completo, pero desde luego ya no debieron ser las de antes del primer viaje. La posición de Colón era muy delicada y solo el patrocinio real le protegía de sus enemigos, que eran muchos y poderosos.